Fakultas Psikologi UNY memiliki akar sejarah yang panjang yang bermula dari Bagian Pedagogik Fakultas Sastera, Pedagogik, dan Filsafat UGM yang kemudian berkembang menjadi Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) UNY. Bagian Pedagogik ini diresmikan melalui PP No. 37 Tahun 1950 dan dianggap sebagai titik awal berdirinya FIP UNY pada 14 Agustus 1950. Seiring dengan restrukturisasi internal di UGM, FSPF UGM dipecah menjadi tiga fakultas, salah satunya adalah Fakultas Pedagogik. Dalam prosesnya, Jurusan Psikologi yang semula berada di FIP UGM kemudian berpisah dan menjadi bagian dari Fakultas Psikologi UGM. Tahun 1964 menjadi titik penting lain ketika FIP UGM, FKIP UGM, dan IPG Surakarta digabung menjadi IKIP Yogyakarta melalui Keputusan P.J.M. Presiden No. 1/1963 dan Instruksi J.M. Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) dan Menteri Pendidikan Pengadjaran dan Kebudajaan (PPK) No. 32 dan 34 tahun 1964. Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Fakultas Keguruan Ilmu Eksata (FKIE), Fakultas Keguruan Sastra dan Seni (FKSS), Fakultas Keguruan Ilmu Sosial (FKIS), dan Fakultas Keguruan Teknik (FKT). Pada saat pemisahan FIP dengan UGM ini, Djurusan Psikologi FIP UGM memisahkan diri dan menjadi Fakultas Psikologi UGM

Perubahan besar terjadi pada tahun 1999 ketika IKIP Yogyakarta berubah menjadi Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) melalui  Keputusan Presiden RI no 93 th 1999, yang memungkinkan pengembangan program studi di luar bidang pendidikan. Dalam rangka persiapan menuju universitas, pada 1997 dilakukan rekrutmen dosen baru berlatar belakang psikologi. Enam dosen direkrut untuk mendukung pendirian Prodi Psikologi, namun proses ini terkendala izin dari Konsorsium Psikologi, badan yang berwenang dalam memberikan ijin bagi program studi psikologi di Indonesia. Persyaratan dan regulasi yang ketat dari konsorsium ini menyebabkan tertundanya pendirian program studi tersebut, para dosen ini sementara ditempatkan di Prodi Bimbingan dan Konseling FIP UNY. Harapan kembali muncul pada tahun 2014 saat tujuh dosen berlatar belakang psikologi di FIP UNY mengajukan proposal pendirian Prodi Psikologi. Proposal ini didukung penuh oleh pimpinan fakultas dan universitas dan diajukan ke Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi. Langkah ini menjadi momentum baru dalam perjalanan panjang pendirian Prodi Psikologi, sekaligus menjadi jawaban terhadap kebutuhan masyarakat akan pendidikan tinggi di bidang psikologi.

Akhirnya, pada 2015 UNY secara resmi mendirikan Jurusan Psikologi dengan dua program studi: S1 dan S2 Psikologi melalui Surat Keputusan Rektor UNY Nomor 253 Tahun 2015 tertanggal 12 Juni 2015 tentang pendirian Jurusan Psikologi FIP UNY sebagai respon atas keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 37/M/KP/III/2015 tanggal 15 Maret 2015 tentang pembukaan program studi S1 Psikologi dan keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 551/E/O/2014  tanggal 17 Oktober 2014 tentang pembukaan program studi S2 Psikologi. Tanggal 15 Maret 2015 ditetapkan sebagai hari lahir jurusan tersebut. Dengan perubahan status UNY menjadi PTN-BH, Jurusan Psikologi berubah menjadi Departemen Psikologi di bawah Fakultas Ilmu Pendidikan dan Psikologi. Seiring dengan perubahan bentuk Universitas Negeri Yogyakarta dari Badan Layanan Umum (BLU) menjadi Perguruan Tinggi Negeri Badan Hukum (PTN-BH), turut diikuti pula dengan perubahan nama Jurusan Psikologi menjadi Departemen Psikologi yang berada di bawah naungan Fakultas Ilmu Pendidikan dan Psikologi.

Perjalanan tidak berhenti disitu saja, persiapan untuk pemekaran Fakultas Ilmu Pendidikan dan Psikologi UNY menjadi dua Fakultas, Fakultas Ilmu Pendidikan dan Fakultas Psikologi terus dilakukan. Hingga, akhirnya proses penataan langkah menuju Fakultas Psikologi direalisasikan dengan pengajuan pendirian Fakultas Psikologi melalui Direktorat Penjaminan Mutu UNY, pertimbangan akademik dari Senat Akademik Universitas pada tanggal 25 November 2024, dan pertimbangan nonakademik dari Majelis Wali Amanat pada tanggal 27 Maret 2025. Hingga pada puncaknya terhitung sejak tanggal 2 Mei 2025, berdasarkan Keputusan Rektor Universitas Negeri Yogyakarta Nomor 2.28/UN34/IV/2025 tertanggal 28 April 2025, secara resmi berdirilah Fakultas Psikologi Universitas Negeri Yogyakarta. Pendirian ini didasarkan pada pertimbangan bahwa keberadaan Fakultas Psikologi di Universitas Negeri Yogyakarta menjadi sangat penting untuk menjawab tuntutan dan tantangan kebutuhan masyarakat akan tenaga profesional di bidang psikologi yang mampu menangani berbagai permasalahan mental manusia di berbagai setting, serta untuk mewujudkan peran aktif Universitas Negeri Yogyakarta dalam pengembangan ilmu psikologi dan pembangunan nasional.