Prodi Psikologi yang berdiri berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 37/M/KP/III/2015 berada di bawah naungan Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) UNY, dan selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Rektor UNY Nomor 253 Tahun 2015 tertanggal 12 Juni 2015 tentang pendirian Jurusan Psikologi FIP UNY, sejak tanggal tersebut Prodi Psikologi menjadi Jurusan. Perubahan bentuk Universitas Negeri Yogyakarta dari Badan Layanan Umum (BLU) menjadi Perguruan Tinggi Negeri Badan Hukum (PTN-BH) turut diikuti dengan perubahan nama Jurusan Psikologi menjadi Departemen Psikologi yang berada di bawah naungan Fakultas Ilmu Pendidikan dan Psikologi.

Selanjutnya, terhitung sejak tanggal 2 Mei 2025, berdasarkan Keputusan Rektor Universitas Negeri Yogyakarta Nomor 2.28/UN34/IV/2025 tertanggal 28 April 2025, secara resmi berdirilah Fakultas Psikologi Universitas Negeri Yogyakarta. Pendirian ini didasarkan pada pertimbangan bahwa keberadaan Fakultas Psikologi di Universitas Negeri Yogyakarta menjadi sangat penting untuk menjawab tuntutan dan tantangan kebutuhan masyarakat akan tenaga profesional di bidang psikologi yang mampu menangani berbagai permasalahan mental manusia di berbagai setting, serta untuk mewujudkan peran aktif Universitas Negeri Yogyakarta dalam pengembangan ilmu psikologi dan pembangunan nasional. Selain itu, pendirian ini telah melalui prosedur dan proses validasi oleh Direktorat Penjaminan Mutu UNY, serta mendapat pertimbangan akademik dari Senat Akademik Universitas pada tanggal 25 November 2024, dan pertimbangan nonakademik dari Majelis Wali Amanat pada tanggal 27 Maret 2025.